В 1937 году при Алма-Атинском зоопарке был организован кружок юных натуралистов зоологом Зверевым Максимом Дмитриевичем, который впоследствии – Станция юных натуралистов при Алма-Атинском зоопарке. Первыми преподавателями были научные сотрудники зоопарка Шнаревич, Мартехов, Гвоздев, Слудская и приглашённый из Джамбульского района учитель средней школы Синявский, а из Боровского заповедника - опытный таксидермист Мороз. Работа юннатов велась под общим руководством заведующего научной частью зоопарка Зверева М. Д.
Кроме работы в кружках, наиболее активные из юных натуралистов помогали научным сотрудникам зоопарка в проведении различных исследований. Так, например, большая помощь юннатами была оказана при изучении различных диких птиц, особенностей их питания и установления их вреда или пользы для садоводства, огородничества и полеводства. Юные натуралисты участвовали в выездах научных сотрудников зоопарка в различные экспедиции по изучению фауны Казахстана и в отлове птиц для кольцевания, чтобы установить перелётные пути и места зимовок промысловых водоплавающих птиц. Юннаты помогали учёным при изучении сроков линьки, размножения, питания животных, содержащихся в неволе и при разработке методики механизированных биологических наблюдений, а также за поведением животных с помощью сконструированных в зоопарке счётчиков и других приборов.
С 1939 года станция юных натуралистов стала называться городской и получила отдельный дом на территории зоопарка. На станции работали кружки: зоологов, ботаников, ихтиологов, таксидермистов, ветеринаров. В этом же году впервые юннаты стали участниками Всесоюзной сельскохозяйственной выставки в г. Москве, где демонстрировали большую витрину с результатами наблюдений за питанием птиц в природе, при проведении которых использовались орнитографы, искусственные птенцы и другие приборы.
В 1940 году городская станция юных натуралистов была переименована в Республиканскую и переведена из зоопарка в центр города, в особняк с садом на улице им. Гоголя. Однако с началом Великой Отечественной войны станция была закрыта.
5 ноября 1953 года в г. Алма-Ате вновь открывается городская станция юных натуралистов, которая в 1965 году реорганизована в Центральную, в 1977 году переименована в Республиканскую, а в марте 1997 года вновь реорганизована в городскую станцию юных натуралистов.
В 1972 году станция получила в подарок от государства комплекс зданий с теплицами, парниками, зообазой, метеоплощадкой, базой механизации и большим земельным участком в развивающемся в те годы юго-западном районе города, где находится и по настоящее время.
Республиканская станция юных натуралистов, будучи головной организацией подобного профиля, осуществляла координацию работы всех станций юных натуралистов в республике. С целью оказания методической помощи, обобщения опыта работы и анализа имеющихся проблем практиковались командировки сотрудников РСЮН в области, по результатам которых планировались мероприятия по повышению квалификации различных категорий работников СЮН.
Ежегодно проводились семинары по повышению квалификации руководителей кружков по профилям: цветоводство, зоология, овощеводство, полеводство, садоводство, агрохимия. На семинарах для руководителей кружков проводились занятия по методике преподавания с показом новых форм и методов, они знакомились с новинками в области агротехники и зоотехники во время экскурсий в научные институты и профильные производства, обучались методикам изготовления наглядных пособий, практических работ, организации тематических массовых мероприятий.
Ежегодно проводили Республиканский смотр-конкурс на лучшую организацию работы УПБ, ШЛ, учебно-опытных участков, биологических кабинетов в общеобразовательных школах Казахской ССР, в целях выявления лучших школ, изучения и распространения их опыта по созданию и использованию ученических производственных бригад, школьных лесничеств, учебно-опытных участков, в учебно-воспитательном процессе, успешного усвоения учащимися необходимого объема знаний по биологии и природоведению, воспитания любви к природе. В проведение этого конкурса большая роль отводилась Республиканской станции, которой было поручено разработать положение, конкретные рекомендации по оформлению итогов смотра-конкурса, проанализировать представленные областями материалы, определить победителей.
Большой популярностью в 70-80 годы у школьников пользовались выставки «Творчество юных», которые проводились один раз в два года в целях развития технического, художественного творчества, натуралистической и краеведческой работы в школах и внешкольных учреждениях республики.
Станция юных натуралистов осуществляла подготовку и проведение выставки по разделу «Натуралистическая работа». Выставка способствовала выявлению, обобщению и распространению опыта внеклассной работы с учащимися; воспитанию у школьников стремления к глубокому и прочному овладению знаниями, развитию эстетического вкуса и любви к природе.
В пяти отделах станции (экология и здоровье человека, мир растений, природа и фантазия, экология, зоология.) работают кружки 27 наименований, объединяющих около 1,5 тысяч школьников разных возрастов. Здесь каждый ребёнок находит себе занятие по душе: кому-то нравится наблюдать и ухаживать за хомячками, кроликами, рыбками, птицами, дрессировать своих любимых собак, а кто-то увлекается выращиванием овощных, цветочных, лекарственных и древесных растений.
Независимо от профиля, каждый кружок работает в рамках станционной комплексной программы «Наш дом - природа», целью которой является подготовка детей к необходимому для полноценной жизни
На занятия кружков ребята приходят 1-2 раза в неделю в соответствии с расписанием (в 1-ю или 2-ю смены). Продолжительность занятий 2-3 академических часа.
В процессе занятий дети усваивают научные основы проблем взаимодействия общества и природы, овладевают различными методиками изучения окружающей среды, учатся составлять проекты, выполняют исследовательские работы и результаты их докладывают на различных конференциях.
Практическая деятельность юннатов в кружках выступает как средство закрепления и упрочения теоретических знаний, полученных на занятиях. Эта деятельность вносит непосредственный вклад в охрану и обогащение природных богатств нашего города (выращивание посадочного материала, озеленение, охрана и привлечение птиц и т.д.).
Учитывая потребности детей и их родителей, на станции открыты кружки художественно-эстетического направления: фитодизайна, флористики, декоративно-прикладного творчества.
Кроме занятий и работы в кружках юннаты участвуют в различных праздниках, КВН, утренниках, таких как: «Мой ласковый и нежный друг», «Осенняя пора, очей очарованье…», «Три клада у природы есть…», «Проводы зимы», «Весна идёт, весне - дорогу», «Наурыз – праздник пробуждения природы», «Птицы – наши друзья» и пр.
В целях воспитания уважения и бережного отношения к природе и развития творческой личности ребёнка ежегодно на станции проводится фестиваль театрализованных экологических миниатюр «Через искусство к зелёной планете». В течение месяца дети с большим интересом представляют на суд зрителей различные инсценировки, сказки, музыкальные композиции, рассказывающие о тех или иных экологических проблемах и путях их решения.
Этой же цели способствуют конкурсы и выставки творческих работ: рисунков, поделок из природного материала и бытовых отходов, цветочных композиций, фотографий ( «С днём рождения страна», «Этот разноцветный мир», «Нет мусору!», «Любимый сердцу уголок» и др.).
Станция широко известна в городе; постоянно принимает участие в различных городских и республиканских мероприятиях. За большой вклад в экологическое образование воспитание подрастающего поколения награждена многими грамотами и дипломами.